بنیاد حکمت اسلامی صدرا نخست با عنوان «ستاد برگزاری کنگره جهانی بزرگداشت حکیم صدرالمتألهین» و بمنظور سامان دادن همایشی جهانی برای معرفی اندیشه‌های ملاصدرا و حکمت متعالیه فعالیت خود را آغاز کرد. پس از تشکیل رسمی بنیاد در سال ۱۳۷۸ و گسترش فعالیتهای آن، برگزاری سلسله همایشهایی در بزرگداشت ملاصدرا همچنان محور اصلی فعالیتهای بنیاد بوده و هست. بدین منظور، دبیرخانه‌یی با نام «دبیرخانه دائمی همایشها» در بنیاد ایجاد شد.
همچنین با رایزنیهای متعدد بنیاد با نهادهای متولی از جمله شورای عالی انقلاب فرهنگی و شورای عالی فرهنگ عمومی، روز یکم خرداد ماه در تقویم رسمی کشور بعنوان روز بزرگداشت ملاصدرا بثبت رسید و بنیاد حکمت اسلامی صدرا نیز تصمیم گرفت همه‌ساله در این روز همایشی در بزرگداشت مقام علمی و معنوی این حکیم فرزانه و شهیر ایران‌زمین برگزار نماید.
محور اصلی فعالیت های بنیاد حکمت اسلامی صدرا فراهم سازی فضائی است که به بررسی، مبادله و نشر افکار جدید فلسفی در همه زمینه ها و نیز فلسفه های جدید و گذشته و معرفی بیشتر فلسفه اسلامی و بخصوص حکمت متعالیه صدرایی و شخصیت وی در داخل و خارج از کشور می‌باشد برهمین اساس این بنیاد با برپایی همایشهای داخلی، منطقه‌ای، بین‌المللی سعی در آماده‌سازی فضای مناسب گفتگوی فلسفی و نیز معرفی هرچه بیشتر حکیم صدرالمتألهین در داخل و خارج از کشور نموده است. از سلسله همایشهای بزرگداشت ملاصدرا تاکنون ۲۸ همایش ـ‌شامل ۲ همایش جهانی، ۲ همایش بین‌المللی و ۲۴ همایش ملی‌ـ برگزار شده است. حضور بیشمار اندیشمندان و فضلای صاحبنام و برجسته ملی و بین‌المللی بعنوان سخنرانان، مدعوین، مستمع و نویسندگان مقالات افتخاری است که در کارنامه درخشان دبیرخانه همایشها و بنیاد حکمت اسلامی صدرا بثبت رسیده است.